Forskningsfrihed betyder, at du som forsker har frihed til at vælge forskningsemne, definere forskningsmæssige problemstillinger, vælge materiale og metoder til at finde svarene og til at fremlægge og diskutere resultater og ræsonnementer offentligt. I sagens natur sætter en kontrakt som nævnt under punkt 1. begrænsninger for din forskningsfrihed i forhold til at vælge forskningsemne, men den begrænser ikke din frihed til at definere problemstillinger, vælge materiale og metode og fremlægge resultater. Kan du som forsker ikke stå inde for disse dele, skal du ikke engagere dig i projektet.
Nej, du har forskningsfrihed, så du bestemmer, hvordan opgaven løses. Den eksterne partner kan godt komme med forslag til opgaveløsning, så længe du har det sidste ord, og som forsker kan stå inde for det.
Det er kun dig som forsker, der kan beslutte, hvilke metoder, du vil anvende. Du må gerne få forslag til metoder fra den eksterne part, men det er suverænt dig som forsker, der beslutter metoden. Du skal kunne stå inde for metodevalget.
Det er kun dig som forsker, der må beslutte det, og da kun ved at beskrive, hvilke data, du udelader og hvorfor.